सत्ता के ख़िलाफ़ आवाज़ उठाने वाले प्रो. साईबाबा को जेल में अनेक यातनाओं का सामना करना पड़ा। उन्होंने 10 साल की कैद के दौरान जेल प्रशासन द्वारा किए गए अत्याचारों और अमानवीय व्हवहार की बहुत बार शिकायत की। साईबाबा के शरीर का 90 फीसदी हिस्सा विकलांग था। जेल में रहने के दौरान प्रशासन ने उन्हें दवाईयां देने तक से इनकार किया था।